Runstorps naturreservat innefattar ett delvis betat kulturlandskap med ekhagar, strandängar, ädellövskog och gamla barrskogar. Reservatet, som bildades 2002, är 33 hektar stort. Reservatet är kuperat med branter tillhörande den långsträcka förkastning som löper från Motala i väster till Slätbaken i öster. I de barrskogsbevuxna branterna står över 200 år gamla, knotiga tallar bland något yngre granar.
Närmast gården finns ett äldre, parklikt ädellövträdsbestånd som betas. De ihåliga träden är hemvist åt ett stort antal ovanliga skalbaggar. I de grova ekarna lever till exempel den sällsynta arten läderbagge. I reservatet finns också en stor mångfald av lavar och en artrik flora. Områdets varierade natur, gamla träd, närhet till vattnet och gamla byggnader är en utmärkt miljö för fladdermöss. Här lever bland annat mustaschfladdermus, en av landets minsta och ovanligaste arter.
